Analisis pembentukan struktur sekunder, dan tersier pada protein
KIMIA ORGANIK II
Analisis pembentukan struktur sekunder, dan tersier pada protein
Protein merupakan salah satu biomolekul terpenting yang ditemui di seluruh bentuk kehidupan di muka bumi, bahkan pada virus. Peran sentralnya sebagai membran, transporter, pembentuk organel sel, hingga enzim-enzim regulator metabolisme membuat studi terhadap protein terus dikembangkan dan tidak pernah ada habisnya. Salah satu studi mengenai protein yang paling dicermati saat ini adalah mengenai bentuk dan struktur protein.
Struktur sekunder.
Pada struktur sekunder, protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan yang membentuk struktur ini, didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu: α-heliks dan β-sheet. β-sheet itu sendiri ada yang paralel danjuga ada yang anti-paralel,bergantung pada orientasi kedua rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut.
Struktur tersier
Struktur ini terbentuk karena struktur-struktur sekunder yang dikemas sedemikian rupa membentuk struktur tiga dimensi. Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau struktur tersier. Disini interaksi intra molekuler seperti ikatan hidrogen, ikatan ion, van der Waals, hidropobik dan lainnya turut menentukan orientasi struktur tiga dimensi dari protein
Strukur kuartener
Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier, dengan kata lain multi subunit. Intraksi intermolekul antar sub unit protein in membentuk struktur keempat/ kwaterner. Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular.
permasalahan :
Analisis pembentukan struktur sekunder, dan tersier pada protein
Protein merupakan salah satu biomolekul terpenting yang ditemui di seluruh bentuk kehidupan di muka bumi, bahkan pada virus. Peran sentralnya sebagai membran, transporter, pembentuk organel sel, hingga enzim-enzim regulator metabolisme membuat studi terhadap protein terus dikembangkan dan tidak pernah ada habisnya. Salah satu studi mengenai protein yang paling dicermati saat ini adalah mengenai bentuk dan struktur protein.
Struktur sekunder.
Pada struktur sekunder, protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan yang membentuk struktur ini, didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu: α-heliks dan β-sheet. β-sheet itu sendiri ada yang paralel danjuga ada yang anti-paralel,bergantung pada orientasi kedua rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut.
Struktur tersier
Struktur ini terbentuk karena struktur-struktur sekunder yang dikemas sedemikian rupa membentuk struktur tiga dimensi. Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau struktur tersier. Disini interaksi intra molekuler seperti ikatan hidrogen, ikatan ion, van der Waals, hidropobik dan lainnya turut menentukan orientasi struktur tiga dimensi dari protein
Strukur kuartener
Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier, dengan kata lain multi subunit. Intraksi intermolekul antar sub unit protein in membentuk struktur keempat/ kwaterner. Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular.
permasalahan :
11.
Mengapa struktur tiga dimensi local dari berbagai
rangkaian asam amino pada protein distabilkan oleh ikatan hidrogen?
22.
Bagaimana cara pembentukan alpha helix pada
protein sekunder?
33. Bagaimana cara menetukan struktur sekunder
protein dengan spektroskopi circular dichroism?
Saya mencoba menjawab permasalahan 1.
BalasHapusStruktur 3D asam amino dapat secara resmi didefinisikan oleh pola ikatan hidrogen dari protein (seperti heliks alfa dan beta sheet) yang diamati dalam struktur atom resolusi. Kekuatan menarik di antara asam amino dalam rangkaian protein menyebabkan struktur utama membelit, melingkar, dan melipat diri sendiri. Bentuk-bentuk yang dihasilkan dapat spriral, heliks, dan lembaran. Bentuk ini dinamakan struktur sekunder. Dalam kenyataannya struktur protein biasanya merupakan polipeptida yang terlipat-lipat dalam bentuk tiga dimensi dengan cabang-cabang rantai polipeptidanya tersusun saling berdekatan.
baiklah saya akan menjawab permasalahan anda nomer 2
BalasHapusHeliks alfa adalah bentuk paling umum dari struktur sekunder protein. Mereka diciptakan oleh gulungan Dextro dari struktur protein primer. Gulungan ini disebabkan oleh interaksi ikatan hidrogen antara asam amino dalam protein.
Heliks alfa sering ditemukan pada motif pengikatan DNA. Ini adalah protein regulasi yang berinteraksi dengan DNA. Mereka juga ditemukan di daerah protein yang mampu menjangkau membran. Karena ini mereka sering menjadi bagian dari protein membran-yang mencakup seperti protein pori. Mereka juga dapat bertindak sebagai jangkar untuk protein yang perlu dikaitkan dengan membran tetapi tidak harus tertanam di dalam protein. Gambar dibawah ini menunjukkan rodopsin. Protein ini memiliki tujuh heliks diatur up-dan-down dalam cincin (bentuk merah kotrek).
Baik saya akan menjawab permasalahan yang ke 3
BalasHapusYaitu dapat dilakukan dengan cara melihat Spektrum CD dari puntiran-alfa, yang menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda dibandingkan dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa diestimasi dari spektrum inframerah.